Religiøse huse har været samlingssteder for fredericianere altid, også de seneste 50-70 år. I denne periode voksede Fredericia stort i omfang, og der opstod derfor også behov for nye religiøse huse i byen. Vest for den gamle del af Fredericia voksede en ny bydel efterhånden frem mellem Vejlevej og Prangervej fra 1940’erne og især i løbet af 1950’erne og 1960’erne. Det var et villavejskvarter samt forskellige typer af mindre butikker, især på Prangervej. Området fik også sin egen skole med Skjoldborgsvejens Skole, der blev indviet i august 1954.
Kirkeligt hørte Vestbyen til Sct. Michaelis Kirke, men samtidig med byggeriet af flere villahuse, opstod ønsket om en kirke tættere på. Gennem hele årtiet i 1960’erne var der i Fredericia jævnligt snak om, at man ønskede at opføre en kirke omkring Prangervej. Den største udfordring mod byggeriet af en ny kirke var økonomien. Det var voldsomt dyrt at opføre en kirke. Der var dog ingen tvivl om behovet. I 1970 bestod menigheden til Sct. Michaelis kirke af 13.000 personer, som kun havde den ene kirkebygning at søge til, og to præster, der skulle servicere den meget store menighed med gudstjenester, vielser, konfirmation, dåb og begravelse. I 1950 sørgede Vestbyens indbyggere for at bygge fælleshuset ”Søndermarkshus”, hvor man kunne gå til søndagsskole og senere også konfirmationsforberedelse. I 1960’erne afholdt man også gudstjenester her. Endelig mod slutningen af 1960’erne kunne man tage den endelige beslutning. Der var blevet samlet penge ind gennem indsamlinger, frimærkesalg og donationer, og nu var man klar til at tage det næste skridt. Man udskrev en arkitektkonkurrence, og nu ventede man blot på at kunne se de indkomne arkitektforslag.
I marts 1970 præsenterede arkitekt Tyge Arnfred vinderprojektet for et nyt kirkebyggeri ved Prangervej. Tyge Arnfred præsenterede et bud på en meget utraditionel kirkebygning med en ny opfattelse af kirkerummet. Kirkerummet skulle placeres i en nærmest skålformet grøn slette, der kunne ses fra kirken via et stort vinduesparti. Dette parti forbandt kirkerummet og naturen med hinanden som en glidende overgang. Planen med kirken var fra arkitektens side at skabe et intimt rum, hvor bænkene var placeret i en halvbue foran alteret og præsten, som dermed kom til at stå blandt menigheden fremfor hævet op over dem i en prædikestol. Materialerne skulle bestå af røde mursten og træ, som dermed også bragte naturen ind i kirken. Selve byggemetoden var også speciel, for de rå mure blev opmuret i frit forbandt uden mønster, og murerne skulle stå med grove fyldte fuger. I muren inde i kirken genbrugte man også nogle enkelte af de gamle sten fra Ullerup kirke, der blev revet ned i forbindelse med Fredericias grundlæggelse i 1650’erne. Kirkerummet i Hannerup kirke er som nævnt et intimt rum, hvor prædikestolen, nadverbordet og døbefonten står samlet foran glaspartiet ud mod græsplænen.
Da man udpegede Tyge Arnfreds projekt som vinderen var den fulde finansiering ikke på plads. Der manglede fortsat ca. fire millioner kroner til kirkebyggeriet, og de skulle nu findes. Det viste sig dog at være vanskeligt i starten af 1970’erne, hvor det danske samfund var økonomisk ramt med oliekrise, men gennem lån og indsamlinger lykkedes det efterhånden. Derfor kunne man skærtorsdag, den 11. april 1974 indvie den nye kirke i Fredericias vestlige bydel. Selve indvielsen blev en stor fest med deltagelse af en propfyldt kirke. Biskop Th. V. Kragh og amtmand Wamberg ledte processionen, og under gudstjenesten blev hele seks børn døbt. Her blev kirkens første sognepræst, Halvdan Knudsen, også indsat. Han havde indtil da været tilknyttet Sct. Michaelis kirke, men været den drivende kraft i forhold til at skabe grundlaget for byggeriet af Hannerup kirke. Halvdan Knudsen fortsatte som præst i Hannerup frem til 1980, hvor han gik på pension.
Hannerup Kirke blev en utraditionel kirkebygning, hvor nærheden til naturen var retningssnoren for byggeriet. Kirken er placeret ved et lille torv, som også rummer et kapel, et redskabsrum samt kirkekontor, konfirmandstue, mødelokaler mm. Ved indvielsen lå kirken i udkanten af Vestbyen, men siden da er området bag kirken også blevet fuldt bebygget. I 1990 blev kirkens område udvidet med en kirkegård.
